Chez certains utilisateurs, a priori peu nombreux, la mise à jour 4.2 du firmware de l'AppleTV 2 cause des problèmes de clignotement sur téléviseur. AppleInsider rapporte avoir reçu confirmation d'un représentant Apple : Cupertino est au courant du problème et travaille à le corriger, sans pour autant préciser de délai estimé.
Des téléviseurs de marque - Sony, Panasonic, Hitachi, Samsung ou Toshiba - affichent une image "clignotante" lorsque l'AppleTV 2 est connectée en HDMI.